No dia 14 de abril de 1912, um grupo de esportistas da cidade de Santos, liderado por Raymundo Marques, Mário Ferraz de Campos e Argemiro de Sousa Júnior, se reuniu no salão do Clube Concórdia para fundar um time para a prática do futebol.

Aprovada a idéia, começaram as discussões sobre o nome. A primeira sugestão foi África Foot-ball Club, logo descartada; seguiram-se, Associação Esportiva Brasil, rejeitado por ser o nome do país, e Concórdia, mas já havia um clube com esse nome. Até que um dos participantes sugeriu Santos Futebol Clube, pois desta forma estariam unindo a cidade toda em torno do novo clube.

Inicialmente as cores do Santos eram azul, branca e amarela, o que gerou problemas na confecção do uniforme. A solução foi trocar para "branco que representava a paz e preto, a nobreza", segundo o sócio Paulo Pelúccio.

O primeiro jogo-treino foi no dia 22 de junho, com vitória do Santos sobre o Thereza Team por 2 x 1, gols de Anacleto Ferramenta e Geraule Ribeiro. A primeira partida oficial, e primeira vitória (3x2), foi apenas no dia 15 de setembro, contra o Santos Athletic Club, conhecido como Clube dos Ingleses.

No ano seguinte veio o convite da Liga Paulista para disputar o torneio estadual. Como o clube santista não tinha estádio, teve de jogar em São Paulo. A estréia foi contra o Germânia, dia 1º de junho e o time amargou uma goleada de 8 x 1. Anacleto Ferramenta marcou o gol de honra.

Três semanas depois, o Santos foi à forra e conquistou sua primeira vitória contra aquele que viria a ser seu eterno rival: o Corinthians: 6 x 3 para os santistas no Parque São Jorge.

O primeiro título também veio em 1913. Disputando o campeonato santista com outros três times (América, Escolástica Rosa e Atlético), o Santos venceu todos os seis jogos que disputou, marcando 35 gols e levando apenas sete.

Em 1916, cansado de jogar fora de casa, o Santos decidiu construir seu estádio. No dia 22 de outubro, o "alçapão" da Vila Belmiro foi inaugurado num jogo contra o Dublin Football Club: derrota do time da casa por 5 x 3.

Somente em 1935 o Santos conquistou seu primeiro Campeonato Paulista, reunindo no time jogadores da cidade e de fora. O título veio com uma vitória sobre o Palestra (nome do Palmeiras na época) por 2 x 0, gols de Araken e Raul.

Dezenove anos depois, o Santos disputou sua primeira partida internacional contra o Gymnasia e Esgrima, na Argentina: empate em 1 x 1. Os jogos no exterior foram as poucas glórias alvinegro santista, entre 1935 e 1955. Foram 20 anos sem ganhar títulos no Brasil.

Em 1955, o Santos voltou a vencer o Campeonato Paulista contra o Taubaté e em 56, conquistou o bi-campeonato. Neste mesmo ano, chegou de Bauru o jovem Pelé que, com apenas um ano de Santos, ganhou fama pelas qualidades em campo.

Aos poucos, o Santos foi montando o time que até hoje é considerado um dos melhores de todos os tempos. Oataque com Dorval, Mengálvio, Coutinho, Pelé e Pepe deu muitas alegrias à torcida do "Peixe", com jogadas sensacionais e muitas glórias. Nos anos 60, foram oito títulos paulista, cinco Taças Brasil, três torneios Rio-São Paulo e muitas taças internacionais.

A principal conquista veio em 1962: o mundial interclubes, depois de vencer a Taça Brasil e a Libertadores da América. Em 1963, o feito foi repetido, mesmo sem contar com Pelé na partida decisiva por causa de uma contusão. Os anos de glória do "Rei", que consagrou a camisa 10 no Santos e na Seleção Brasileira, terminaram em 1974, quando Pelé deixou o Santos, um ano após o título dividido com a Portuguesa.

Depois disso, o Santos conquistou mais dois campeonatos paulistas: em 1978 (com Toninho Vieira, Pita, Nilton Batata e Juarie), e em 1984 (comandado por Rodolfo Rodriguez, Dema, Paulo Isidoro e Serginho Chulapa). Por duas vezes o time foi vice Brasileiro: em 1983 e 1995.